隨著近十多年來分子親緣（Molecular phylogeny）相關研究的快速發展，讓早期外部形態及核型（Karyotype）為主要依據的生物分類，又多了一個更簡便且清晰的驗證方式；而在兩棲爬行動物上也是如此，一些已往被認為廣泛分布或缺乏較精確比對的種類，藉由跨國性的大區域研究，讓部份錯綜難解的地理親緣習題，得以豁然開朗。儘管現今仍有不少待解的謎團，但其中較為明確的研究結果，已足以讓學名的使用者去認真思考，是否該對這些動物的名稱進行一些更動或修正，以期合乎較新的研究現況。

另外，隨著網際網路世界的快速發展，不論是國際著名研究組織、地區性的學術機構、乃至於私人所成立的網站，使得兩棲爬行動物分類相關的網路資源也越來越多。雖然這多樣的資訊，為許多有興趣的人帶來了不少便利，但同一物種，在不同的網站中，採取迥異學名的情況，也屢見不鮮。即使是較專門的研究者，一不小心便有機會產生誤判，而對於較少接觸科學期刊的讀者來說，這眾多且紛亂的訊息讓人無所適從。

在此筆者則針對與國內兩棲類相關，近年來分子親緣研究的結果以及未來可能在分類階層上所產生的變革，概述如下：
首先是有尾目（Order Caudata）的部份，在去年由師大生科系呂光洋教授實驗室團隊，於期刊發表令人振奮的2個新種後（Lai and Lue, 2008），過去分類紛亂的情況已大致暫告一段落，台灣的山椒魚科（Family Hynobiidae）被區分為5個種群，也無太大的爭論；但由這類動物於台灣山區，棲地有如空中島嶼般，各個族群間隔離的機制相當明顯，部份種群內（如台灣山椒魚）在不同地點間，遺傳及外型差異亦不算小，隱藏種（Criptic Species）存在的機會，似乎仍無法完全排除。此外，在一些調查較少或資訊缺如的可能分布區域，是否有未知種類的存在？諸如此類的問題，則有待研究者未來更進一步的努力來為我們解答。