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參與「生物多樣性推動方案」的夥伴包括：中研院、農委會（包括林務局、林試所、防檢局、水保局、漁業署、農糧署、農試所、水試所、畜試所、特生中心、各農改場、茶改場、種苗場、家衛所、藥毒所等）、內政部（營建署）、外交部、國防部、財政部（包括關稅總局、賦稅署等）、教育部、法務部調查局、經濟部水利署、交通部（高公局、國工局、觀光局、公路總局等）、主計處、人事行政局、新聞局、衛生署、環保署、海巡署、經建會、國科會、文建會、勞委會、公共工程委員會、原民會、客委會。

中研院
生物多樣性研究中心
獎勵國內生物多樣性之基礎科學研究，促進及整合國內外之學術合作與交流。 

農委會及下屬單位
林務局
推動林業資源之永續經營，整合各類自然保護區域，建置中央山脈保育軸，野生物與保育類動物之保育復育，生物多樣性保育之推動、自然保育社區參與之推動，強化入侵生物之管理與防除。 

林業試驗所
進行林木區外保育、種原保存，從事外來入侵種及其他生物多樣性相關學術研究。 

動植物防疫檢疫局
健全全國動植物防疫檢疫及通報系統，偵測並防治外來入侵種危害。 

水土保持局
維護農村生態環境，提升農村居住生活品質。針對坡地、野溪、農村及土石流地區進行生態工程應用研究與技術研發。 

漁業署
強化海洋生物多樣性的永續利用，參與並配合國際漁業永續發展協議。 

農糧署
加強生物多樣性產製品（含基改產品）查驗技術，推動農業技術開發的智慧財產權保護。 

農業試驗所、水產試驗所、畜產試驗所
建立重要國家作物、水產生物、禽畜動物之種原庫，強化種原保育。 

特有生物研究保育中心
專責推動生物多樣性保育、調查、研究及推廣工作。

家畜衛生試驗所
獸醫微生物種原之收存、鑑定與利用。
及各農業改良場、茶葉改良場、種苗改良繁殖場、家畜衛生試驗所、農業藥物毒物試驗所等。

內政部營建署
負責國家公園之經營管理，並推動營造兼顧生產、生活、生態的生態社區。

外交部
參與國際環境公約及組織相關活動事項。

國防部
辦理生物多樣性講習，並於各營區配合推動紅火蟻防治工作。

財政部下屬單位
賦稅署
預備推動綠稅制度，達到二氧化碳減量，以維持生物多樣性。

關稅總局
查緝走私，針對外來種及野生動物產製品加強把關工作。

教育部
推動生物多樣性教學，並建立與地方政府及民間團體之環境教育夥伴關係。

法務部調查局
加強保育類野生動物產製品檢驗技術。

經濟部水利署
進行河川生物多樣性調查、保育、治理之規畫與分工，並建構資料庫管理系統，以彙整河川生態調查成果。

交通部下屬單位
台灣區國道高速公路局
整合高速公路沿線生物多樣性相關調查研究，評定沿線劣化環境復育之優先順序。
及台灣區國道興建工程局、觀光局、公路總局等。


主計處、經濟建設委員會
將國民所得加入自然資源消耗與環境品質折耗的考量，提供決策部門正視經濟發展必須付出的潛在成本，並調整發展策略。

人事行政局
強化公務人員生物多樣性永續發展理念，提供相關數位學習課程供各公務單位交流使用。

新聞局
建立溝通平台，加強生物多樣性相關宣導。

衛生署
建立生物技術上市產品查驗登記制度，並負抽查檢驗之責。

環境保護署
訂定河川汙染改善計畫與時程，推動溼地淨化及陸域土壤污染防治及規範。

海岸巡防署
查緝外來（入侵種）走私、海域污染案件，並協助鯨豚擱淺救援。

國家科學委員會
審核補助生物多樣性相關學術研究、監測計畫並整合生物多樣性資料。

文化建設委員會
宣導社區永續發展的理念，補助辦理生態環境及生物多樣性教育活動。

公共工程委員會
提供生態工程相關技術研究成果以利各界應用，以降低工程前後對生物多樣性之衝擊。

原住民委員會
保存原住民管理自然的傳統智慧，落實政府與原住民族資源共管，以維護生物多樣性資源。 
及 勞工委員會、客家委員會和各縣市政府。